Cel mai important concept de înțeles este sistemul de împachetare Debian. În esență, părți mari ale sistemului dvs. ar trebui luate în considerare sub controlul sistemului de împachetare. Acestea includ:

De exemplu, dacă înlocuiți /usr/bin/perl, asta va funcționa, dar apoi dacă vă actualizați pachetul perl, fișierul pe care l-ați pus acolo va fi înlocuit. Experții pot ocoli acest lucru punând pachetele în „hold” (păstrare) în aptitude.

Una dintre cele mai bune metode de instalare este «apt». Puteți folosi versiunea de linie de comandă a apt, precum și instrumente precum aptitude sau synaptic (care sunt doar interfețe grafice pentru apt). Rețineți că «apt» vă va permite, de asemenea, să fuzionați secțiunile „main”, „contrib”, „non-free” și „non-free-firmware” ale arhivei Debian, astfel încât să puteți avea pachete restricționate (strict vorbind care nu aparțin lui Debian), precum și pachete din Debian GNU/Linux în același timp.

Există depozite de software oficiale și neoficiale care nu sunt activate în instalarea implicită Debian. Acestea conțin software pe care mulți îl consideră important și se așteaptă să îl aibă. Informații despre aceste depozite suplimentare pot fi găsite pe pagina Wiki Debian intitulată Software-ul disponibil pentru versiunea stabilă a Debian.

Versiunile alternative ale aplicațiilor sunt gestionate de „update-alternatives”. Dacă mențineți mai multe versiuni ale aplicațiilor, citiți pagina de manual a „update-alternatives”.

Toate sarcinile aflate în competența administratorului de sistem ar trebui să fie în /etc, deoarece sunt fișiere de configurare. Dacă aveți o sarcină cron ca root pentru rulări zilnice, săptămânale sau lunare, puneți-o în /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Acestea sunt invocate din /etc/crontab și vor rula în ordine alfabetică, care le serializează (vor fi efectuate una după alta, în ordine alfabetică).

Pe de altă parte, dacă aveți o sarcină cron care (a) trebuie să ruleze ca utilizator special sau (b) trebuie să ruleze la o anume oră sau cu o anumită frecvență, puteți utiliza fie /etc/crontab sau, și mai bine, /etc/cron.d/whatever. Aceste fișiere speciale au și un câmp suplimentar care vă permite să specificați contul de utilizator sub care rulează sarcina cron.

În ambele cazuri, doar editați fișierele și «cron» le va remarca automat. Nu este nevoie să rulați o comandă specială. Pentru mai multe informații, consultați cron(8), crontab(5) și /usr/share/doc/cron/README.Debian.